Studijų kokybės vertinimo centras kartu su partneriais Lietuvos Žemės ūkio universitetu ir Biochemijos institutu nuo 2006 m. birželio mėn. vykdo Europos Sąjungos struktūrinių fondų finansuojamą projektą „Institucinis mokslo ir studijų institucijų vertinimas” pagal 2.5 priemonę „Žmogiškųjų išteklių kokybės gerinimas mokslinių tyrimų ir inovacijų srityje“. Projektu siekiama sukurti aukštųjų mokyklų ir mokslinių tyrimų įstaigų veiklos kokybės vertinimo sistemą, sudaryti prielaidas skatinti mokslo ir studijų institucijų veiklos efektyvumo kėlimą, skatinti ryšius su tarptautiniais bei socialiniais partneriais bei sukurti mokslo ir studijų institucijų veiklos kokybės vertintojų mokymo programą.
Projekto metu numatyta sukurti aukštųjų mokyklų ir mokslinių tyrimų įstaigų veiklos kokybės vertinimo metodiką ir metodinius patarimus institucijos veiklos savianalizės rengimui. Tuo tikslu vykdomas paslaugų pirkimo konkursas šioms metodinėms priemonėms sukurti. Projekto metu sukurtos savianalizės rengimo bei vertinimo metodikos bus taikomos atliekant planinius mokslo ir studijų institucijų vertinimus. Planuojama, kad institucinis mokslo ir studijų institucijų veiklos kokybės vertinimas bus periodiškas ir visos mokslo ir studijų institucijos bus vertinamos kartą per 5 metus.
Atliekant institucinius mokslo ir studijų institucijų vertinimus bus analizuojama ne tik visa institucijos ūkinė, vadybinė, žmoniškųjų išteklių valdymo veikla, tačiau ir išorinis institucijos atstovavimas, tarpinstitucinio bendradarbiavimo panaudojimas siekiant bendrų tikslų. Todėl šio projekto metu įdiegtos institucinio vertinimo tvarkos dėka vertinimo metu taip bus prisidedama ir prie mokslo ir studijų tarpinstitucinės partnerystės vystymo.
Projekto metu taip pat numatoma sukurti mokymo programą, pagal kurią bus parengti 39 vertintojai, kurie ir atliks mokslo ir studijų institucijų veiklos kokybės vertinimą. Tikimasi, kad pagal šią mokymo programą parengti ekspertai gebės tinkamai įvertinti mokslo ir studijų institucijų veiklos kokybę bei prisidės prie pasitikėjimo išoriniais vertintojais didinimo.