Švietimo ir mokslo ministerija, susipažinusi su Valstybės kontrolės Valstybiniame mokslo ir studijų fonde atlikto audito ataskaita „Studentų kreditavimo sistemos plėtojimas“ pažymi, kad ataskaitoje pateikta išvada, dėl 2004 m. paskolų teikimo tvarkos nelankstumo ir nepanaudotų 2,5 mln. Lt neatspindi realaus paskolų teikimo mechanizmo.
Paskolų aukštųjų studentams administravimo tvarka neįpareigoja paskoloms skirtų lėšų panaudojimo susieti su kalendoriniais metais, nes biudžetiniai metai nesutampa su mokslo metais. Paskolų administravimo tvarka leidžia paskolas panaudoti kitais kalendoriniais metais.
Visos paskolų studijų įmokoms apmokėti nepanaudotos lėšos yra panaudojamos pragyvenimo išlaidoms kredituoti kitą semestrą ar kitais metais.
2004 m. pragyvenimo išlaidų paskoloms skirta 11,7 mln. Lt, tačiau iš tikro per Fondą paskoloms pragyvenimo išlaidoms buvo išmokėta gerokai daugiau, t.y. 17, 736 mln. Lt biudžeto lėšų, kadangi papildomai prisidėjo 2003 m. rudens semestre studijų įmokų paskoloms nepanaudotos lėšos, grąžintos paskolos ir kt.
Fondas administruoja paskoloms skirtas lėšas, gauna pirminę informaciją apie paskolų populiarumą pagal paskolų rūšis ir turi teisę savo nuožiūra paskirstyti tų metų lėšas paskoloms. Ministerija, aptarusi audito išvadas su Valstybiniu mokslo ir studijų fondu ir studentais, atsižvelgs į rekomendacijas rengdama Vyriausybei siūlymus dėl Valstybės paskolų aukštųjų mokyklų studentams suteikimo, administravimo ir grąžinimo tvarkos pakeitimų.