Švietimo ir mokslo ministerija kategoriškai atmeta žiniasklaidoje pasirodžiusius Lietuvos nacionalinės vartotojų federacijos kaltinimus dėl „Microsoft“ propagavimo ir pabrėžia, kad visa programinė įranga mokykloms perkama atvirų tarptautinių konkursų būdu.
Švietimo ir mokslo ministerija nesigilina į konkuruojančių firmų ginčus dėl komercinės ar atvirojo kodo programinės įrangos ir nereguliuoja, kokių gamintojų ir kokia programinė įranga gali būti naudojama mokyklose. Ministerija, siekdama sukurti sąlygas, kad mokyklos naudotųsi pačiomis naujausiomis technologijomis, laikosi neutralumo principo. Pavyzdžiui, 2003 m. mokykloms buvo nupirkta atvirojo kodo programinė įranga. 2004 metų pradžioje visos bendrąjį lavinimą teikiančios švietimo įstaigos buvo apklaustos dėl sisteminės ir biuro įrangos programinės įrangos poreikio. Paaiškėjo, kad „Microsoft“ programinės įrangos poreikis yra apie 14 tūkst. vienetų. Atsižvelgiant į tai, buvo paskelbtas atviras tarptautinis konkursas operacinės sistemos ir biuro programinės įrangos licencijoms asmeninio kompiuterio platformai pirkti. Pardavimo pasiūlymai buvo gauti tik „Microsoft“ programinei įrangai. Atsižvelgiant į mažiausią kainą, konkurso nugalėtoju paskelbta UAB „Sonex kompiuteriai“. Pabrėžtina, kad programinės įrangos licencijos nupirktos daug žemesnėmis negu įprastai kainomis. Todėl dabar naujausia „Microsoft“ programine įranga gali naudotis iš esmės visos mokyklos. Mokytojai savo namuose taip pat gali legaliai naudoti tą pačią programinę įrangą. „Microsoft“ siūlomas programinės įrangos komplektas tenkina aukštus palaikomumo reikalavimus, būtinus mokykloms, ypač regionuose, kur mažesnė IT darbuotojų kvalifikacija.
2004 m. vykdant konkursus, kai kurios Lietuvos įmonės planavo juose dalyvauti ir siūlyti atvirojo kodo programinę įrangą, bet vėliau šių ketinimų atsisakė, veikiausiai dėl diegimo bei palaikymo problemų.
