Vartotojams patariama į „iPhone“ nediegti jokių, ne „Apple“ sukurtų, programų. Ypač pavojingi įvairūs atrakinimo įrankiai, leidžiantys įrenginiu naudotis ne oficialaus mobiliojo ryšio tiekėjo tinkle. Naujausi „iPhone“ programinės įrangos atnaujinimai telefonus gali sugadinti nepataisomai.
„Apple“ teigimu, kurdama atnaujinimus bendrovė nesistengia kovoti su programinės įrangos kūrėjais. Tačiau įmonės atstovai pabrėžia, jog bet kokių „iPhone“ programų kūrimas ir modifikavimas yra neteisėtas, todėl bendrovė neprisiims jokios atsakomybės už vartotojų padarytą žalą.
Ankstesni „iPhone“ atnaujinimai taip pat sukeldavo modifikuotos telefonų programinės įrangos gedimus, tačiau jie būdavo ištaisomi.